猪PRKAA1基因相关LncRNAs的筛选及其在组织中的表达分析

更新时间:2023-05-28

【摘要】PRKAA1 （protein kinase, AMP activatedα1）在脂肪代谢、细胞增殖和脂肪形成等过程具有重要的调控作用。为探究PRKAA1基因相关长链非编码RNAs （long noncoding RNAs, Lnc RNAs）的表达规律,本研究以贵州脂肪型猪种从江香猪（Sus scrofa）和商品型猪种约克夏（S. scrofa）为研究对象,根据猪PRKAA1 m RNA （Gen Bank No. XM021076521）的3’UTR序列,利用NCBI和NONCODE （http://www.noncode.org/）对PRKAA1相关的Lnc RNAs进行筛选;对筛选的Lnc RNAs克隆并对序列二级结构、ORF、与PRKAA1作用的靶位点以及调控的mi RNAs等进行预测;以q RT-PCR技术检测所筛选Lnc RNAs在从江香猪和约克夏各组织中的表达情况。选择NONSUST030689.1 （命名为ALNC1）和NONSUST004358.1 （命名为ALNC2）两条候选Lnc RNAs进行研究;克隆测序发现ALNC2对比原序列增加了46 bp;ALNC1具有4个ORFs,ALNC2具有5个ORFs;此外,ALNC1和ALNC2与PRKAA1作用的靶位点各1个;预测出能与Lnc RNA结合的mi RNA （micro RNA）主要有mi R-1226-5p、mi R-487b-5p、mi R-7156-5p等;q RT-PCR检测结果显示,2条Lnc RNAs在从江香猪和约克夏各组织中均普遍表达,各组织间表达差异明显;ALNC1与ALNC2在从江香猪肝脏和脾脏中表达最高,背最长肌中最低;在约克夏大肠和肺脏中表达最高,背最长肌中表达最低;ALNC1在从江香猪肝脏、脾脏、小肠、脂肪和背最长肌的表达量极显著高于约克夏（P<0.01）,心脏和大肠中表达量低于约克夏（P<0.01）,在肺脏和肾脏中约克夏与从江香猪的表达差异不显著。ALNC2在肝脏、肾脏、背最长肌表达量极显著高于约克夏（P<0.01）,心脏、肺脏、大肠、小肠中表达量极显著低于约克夏（P<0.01）;脂肪中显著低于约克夏（P<0.05）,脾脏中表达差异不显著。本研究结果可为深入探讨PRKAA1及相关Lnc RNAs在猪脂肪沉积中的调控作用提供基础资料。

【关键词】 PRKAA1 (protein kinase AMP activatedα1) LncRNA 差异表达 肉质性状 脂肪沉积

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